肺原性心脏病：重症肺结核组织广泛破坏，并有通气和换气功能障碍，可并发肺动脉高压和肺心病。在广泛应用抗结核化疗后，许多肺结核患者获得临床治愈，肺心病的并发症显著减少。
肺癌：曾有肺结核疤痕组织可发生癌变，但两者的因果关系尚无确切证据，据统计，医院肺癌合并肺结核者约8.5%.近年来老年肺结核发病率有所增加，而肺癌也多发生于中年以后，故两者合并的机会较多。肺癌可侵蚀干酪灶的包膜使肺结核重新活动，故对怀疑为肺癌的患者，痰中查出结核菌时，应进一步详细检查，不宜立即放弃合并肺癌的诊断。
矽肺结核：矽尘被摄入后噬细胞内，作用于含结核菌的吞噬溶酶体膜，使其包膜破溃和整个细胞死亡，而结核菌因此得到自由增殖的机会。结核菌再被另一个巨噬细胞所吞，如此循环，结核菌得到迅速蔓延。由于矽法可以直接和间接地损伤细胞免疫力，使矽肺结核迅速干酪空洞化。故矽肺患者，应与结核严加隔离，并作预防治疗。
真菌继发感染：肺结核净化空洞约有25-30%曲菌寄生，形成菌球，并可引起咯血，X线呈结节状或云絮状物附于洞壁，成新月形透明区。
淀粉样变：广泛的纤维干酪病变和脓胸，可诱发淀粉样变性。现不止一次报道慢性纤维空洞型肺结核，并发气管旁淋巴结、肝、脾、胰腺、肠、肾和肾上腺等淀粉样变性。
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